大豆肽是大豆蛋白的水解產物，主要功能性營養物質包括多肽、寡肽、游離氨基酸和糖類，其相對分子質量低，易于消化吸收。豐富的小肽能調節礦物質、脂類代謝，提高免疫力等。
生產大豆肽的方法主要有酶解法、發酵法，目前作為食品配料的大豆肽主要采用酶解法制備。
生產工藝流程如下：
一、原料選擇
國內主要采用北方優質非轉基因大豆來源的豆粕或分離蛋白為原料。如果采用豆粕為原料，須通過堿溶酸沉去除非蛋白質成分，提高底物的蛋白質純度以保障產品大豆肽的蛋白質含量和肽含量；采用大豆分離蛋白為原料應選擇蛋白質含量高、灰分低、分散性好的大豆分離蛋白。
二、預處理工藝
底物在酶解前通過物理手段（高溫、高壓、超聲波等）適當變性，釋放酶切位點，為后續高效酶解提供基礎。目前國內大豆肽制備的常用預處理工藝為：按照底物量加入適當比例的凈化水（純水、軟水等），通過剪切、攪拌等處理以達到分散均勻，并可升溫至80-100℃保溫5-30min，一方面起到殺菌作用，減少后續長時間酶解反應過程中產生的微生物腐敗現象，另一方面適當變性底物，然后冷切至初始酶解溫度。
三、控制酶解工藝
酶解過程中工藝參數主要包括酶的選擇、酶用量、酶解方法、酶解溫度、pH值、酶解終點判定、滅酶等。
酶的選擇對酶解效率、大豆肽的品質（肽段、氨基酸組成、風味等）以及得率至關重要，通常采用多種酶組合以保證酶解效率。
注意使用的酶必須是GB2760規定的食用蛋白酶。
酶解方法包括同步酶解法、分步酶解法、酶膜反應器法。
酶解溫度和pH值的選擇取決于酶組合中各單酶的適宜作用溫度和pH值。
四、分離精制
滅酶后的酶解液是一個含有大分子蛋白質、多肽、低聚肽和氨基酸以及其他非蛋白質組分（淀粉糖類、脂肪、鹽等）的混合體系，需要分離去除其他組分以達到富集大豆肽的目的。大豆蛋白酶解液分離過程通常包括粗分離、精制兩個階段。粗分離工序通常采用離心分離機或壓濾去除大分子量成分，如蛋白質、淀粉、脂肪等，獲得較澄清的液體部分，為精制工序提供基礎；精制工序是通過精濾機或吸附分離（活性炭或其他吸附劑選擇性吸附）或膜分離（微濾、超濾、納濾）等進一步去除其他成分，如大分子量肽和蛋白質、氨基酸、色素、異味、脂肪、鹽等，獲得澄清透明的大豆肽溶液。
五、濃縮
濃縮工序主要將精制后的大豆肽液固形物含量提高至20%-45%，從而提高后續干燥效率、節能降耗。濃縮常用的方法有膜分離濃縮、蒸發濃縮。
六、殺菌
殺菌工序主要是殺滅大豆肽液中的微生物，為保證產品的品質，通常采用超高溫殺菌法。
七、干燥制粒
通過噴霧干燥塔（離心式、壓力式）結合造粒機獲得大豆肽粉末或顆粒，控制產品的密度。
八、包裝及檢驗
大豆肽包裝應在控溫控濕的潔凈間（一般要求十萬級以上）操作，內包裝一般為2層，采用食品級復合膜，外包裝采用箱裝、桶裝。由于生產過程中存在引入異物成分（如鐵、不銹鋼、其他異物等），通常需要采用X射線機或金屬檢測儀進行金屬檢測，降低大豆肽產品含異物風險。